اهداف مرکز پژوهشی مطالعات دینی عبارت است از:

۱. زمینه‌سازی برای گسترش و تعمیق مطالعات نوآورانه در عرصه مأموریت مرکز؛

۲. پاسخگویی به نیازهای اساسی جامعه و نظام اسلامی در عرصه‌های مأموریت؛

۳. تقویت و تثبیت مرجعیت علمی حوزه‌های علمیه در تولید و عرضه دیدگاه‌های نوآورانه در پاسخ به مسائل مورد نیاز جامعه؛

۴. کارآمدسازی دانش‌های دینی در مواجهه فعال با نیازها، چالش‌ها و پرسش‌های نوپدید در عرصه مأموریت؛

۵. زمینه‌سازی برای تربیت نیروی انسانی متخصص در اهداف پیش گفته به منظور بهره‌گیری از دانش تخصصی آنها در مرکز.